O Santuário de Nossa Senhora de Caravaggio está investindo em melhorias estruturais necessárias para a conservação da estrutura. Por isso, está em andamento o processo de impermeabilização do Santuário. Devido à ação do tempo, houve o aparecimento de diversas infiltrações e, com isso, a chuva acaba penetrando pelo teto, pela cúpula e em demais pontos da cobertura. As obras, que dependem das condições do clima e começaram ainda no mês de maio, não tem data para terminar.
O custeio das obras tem sido feito através de movimentos de arrecadações de recursos. Um deles é a venda do Manual do Devoto, que está disponível na loja de Artigos Religiosos do Santuário. O livro com mais de 100 páginas oferece novena, orações, súplicas e a história da aparição e religiosidade de Caravaggio. Ele custa R$ 6 e conta com belas imagens do cenário de Caravaggio e figuras bíblicas.
Além disso, o devoto que deseja ajudar com os custos dessa obra, pode fazer sua doação de forma virtual, no site de Santuário de Caravaggio. Também é possível destinar qualquer valor durante as ofertas nas missas.
Será retirada toda a impermeabilização existente no teto, na cúpula e em outros pontos da cobertura da igreja. As infiltrações permitem que a água penetre em alguns pontos, além disso o acúmulo desta água gera limo e algas.
Após a remoção da atual manta de impermeabilização, o material velho é raspado para preparar a resina. Ela servirá como base para a manta líquida e borracha sintética. Serão usados 300 litros de resina nesta preparação. A borracha sintética é semelhante à manta líquida, mas com resistência e capacidade superiores.